Abstract

RNA-Seq by massively parallel sequencing is a potent way to perform transcriptome and small non-coding RNA (ncRNAs) analyses. Recent reports of the ENCODE project underline that while 80% of the human genome is transcribed, only 2% is protein coding, suggesting that the vast majority of the genome is transcribed as non-protein-coding RNA. We have developed an automated web-based platform, nc-aReNA, for the mapping, classification and annotation of human and mouse ncRNAs from RNA-Seq data. The platform isbased on a data-warehouse approach and workflow environment that includes data quality control, genome and nc-RNAome sequence alignment, differential expression profiling analysis and statistics of classified data.

Autore Pugliese

• Licciulli Vito Flavio

Tutti gli autori

• F. Licciulli

Titolo volume/Rivista

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Anno di pubblicazione

2015

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