Abstract

Summary: ExpEdit is a web application for assessing RNA editing in human at known or user-specified sites supported by transcript data obtained by RNA-Seq experiments. Mapping data (in SAM/BAM format) or directly sequence reads [in FASTQ/short read archive (SRA) format] can be provided as input to carry out a comparative analysis against a large collection of known editing sites collected in DARNED database as well as other user-provided potentially edited positions. Results are shown as dynamic tables containing University of California, Santa Cruz (UCSC) links for a quick examination of the genomic context. © The Author 2011. Published by Oxford University Press. All rights reserved.

Autore Pugliese

• Pesole Graziano

Tutti gli autori

• Picardi E.; D'Antonio M.; Carrabino D.; Castrignanò T.; Pesole G.

Titolo volume/Rivista

Bioinformatics

Anno di pubblicazione

2011

ISSN

1367-4803

ISBN

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